De acuerdo con la práctica aceptada en España, los aparejadores eran los asistentes de los maestros y podían actuar como tracistas hasta que fueran promocionados o hasta que llegara un nuevo maestro mayor por encima de ellos. Muchas empresas constructivas en España se mantuvieron durante años sólo con un aparejador como tracista permanente y supervisor de la construcción. Dado que Felipe II deseaba separar trazado de construcción, era necesario asegurar que los aparejadores no se hicieran cargo como tracistas de El Escorial u otros proyectos.
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La orden de 1569 afectaba a los aparejadores en seis principales y específicos asuntos: 1. No cambiarán nada de los trazados aprobados. En una orden inteligentemente redactada, Felipe II indica que no pretendan ignorarlo. A partir de ahora, no podrán continuar o construir nada que no parezca que deban realizar, incluso aunque digan haber hablado con el rey. 2. Todo se hará mediante contrato. En principio no había ya días laborables, los especialistas simplemente se alquilarían por día para trabajar hasta que la obra hubiera finalizado. Ello estaba dirigido a reducir costes, evitar rodeos y aligerar la construcción. Significaba también que una vez que los tracistas se hubieran preparado para cumplir las órdenes y se hubiera fijado el precio, los cambios no podrían producirse con facilidad. En 1564, los aparejadores, ante la insistencia del prior, habían alterado el perfil de una moldura en la base de El Escorial sin el conocimiento de Juan Bautista. Las nuevas regulaciones impedían ese tipo de insubordinación. 3. Los aparejadores debían tener los proyectos a tiempo para los contratistas. Esos proyectos habrían sido preparados siguiendo los trazados de los maestros, previamente aprobados por el rey. 4. No se entrometerían ni interferirían ante los contratistas una vez que la construcción estuviera en marcha. 5. No se contratarían para otro o abandonarían sin la orden de la Congregación, el cuerpo gubernativo del monasterio. 6. No figurarían sus propios aprendices en la nómina del edificio. Esto constituyó una renuncia dolorosa del tradicional privilegio que se había garantizado explícitamente en las regulaciones de 1563; más tarde se modificó, permitiéndose un aprendiz a cada uno.
Las instrucciones de 1572, un enorme documento que toca todos los aspectos de la práctica y organización constructiva, reducían aún más el poder de los aparejadores. Las órdenes de 1569 fueron confirmadas y el prior fue nombrado superior y cabeza de las obras de El Escorial con autoridad para "tocarlo todo". Sin embargo, el prior no era un tracista y no pretendía serlo. Estaba para emitir órdenes de acuerdo con los planes generales y detallados que se hubieran hecho, y que ordenaría se realizaran de nuevo. El prior tenía derecho a expulsar a los aparejadores (un hecho no publicado pero pronto conocido y aborrecido).
La idea que se extraía de las instrucciones estaba clara: Felipe II abolía el oficio de maestro mayor (aunque nunca lo dijo abiertamente). Actuando así, cortaba la cabeza de la industria constructora española y separaba trazado de construcción. A partir de entonces, los aparejadores no estaban en el último peldaño de la escalera para convertirse en maestros de las obras reales, al menos en El Escorial; incluso si tenían el rango de maestros, como sucedía fuera de Madrid, la responsabilidad del título había cambiado. Los maestros y los aparejadores no serían nunca tracistas reales; serían supervisores de la construcción. En El Escorial, los aparejadores eran responsables de la supervisión y de la preparación de los planos y las copias de éstos para los contratistas. Deberían permanecer un número determinado de horas en un lugar, como cualquier trabajador corriente.
Wilkinson-Zerner, Catherine, "Juan de Herrera, Arquitecto de Felipe II". Akal, 1996, p. 16